как удалить элемент numpy

Фактически, в numpy мы не удаляем элементы, а создаем новый массив без указанных элементов. Так поддерживается целостноть данных

import numpy as np

arr = np.array([1, 2, 3, 4, 5])
new_arr = np.delete(arr, 2)
print(new_arr)  # => [1 2 4 5]

# для многомерных массивов
arr_2d = np.array([[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]])
new_arr_2d = np.delete(arr_2d, 1, axis=0)
print(new_arr_2d)
# => [[1 2 3]
# => [7 8 9]]