Одна из самых популярных практических задач в современном программировании — это поиск ближайших соседей. Например, поиск ближайших соседей встречается в медицине. Так строятся прогнозные модели заболеваемости, в которых оцениваются контакты в ближайшем окружении заболевшего:
На рисунке выше вы можете увидеть координатную плоскость, на которой расположены:
-
«Заболевшие» красные точки
-
«Здоровые» синие точки
-
«Опасные зоны» — розовые окружности вокруг красных точек
Синяя точка подвергается риску заболеть, если она входит в опасную зону — располагается слишком близко к красной точке. Другими словами, чтобы синяя точка не заболела, расстояние между ней и красной точкой должно быть выше порогового значения.
В этом примере задача сводится к поиску синих точек с высоким риском заболеть. Один из способов решения такой задачи — это кластеризация на основе методов машинного обучения. Но есть и альтернатива — это KD-деревья, о которых мы и поговорим в этом уроке.
Что такое KD-деревья
KD-деревья — это дерево, вершины которого представлены в форме точек в некоторой -мерной системе координат. Еще их называют K-dimensional trees или « -мерные деревья».
В этом курсе мы рассматриваем только KD-деревья в двумерном пространстве. Но с его помощью можно вычислять ближайшего соседа и на более сложных системах координат. Например, так выглядит трехмерное дерево:
Обратим внимание, что эффективность поиска ближайших соседей в KD-дереве снижается при больших значениях .
В качестве правила обычно принимают, что число вершин в дереве должно быть намного больше значения . Если это правило не соблюдать, то алгоритм поиска на основе KD-дерева будет работать с почти той же скоростью, что и обычный последовательный поиск.
Как устроено KD-дерево
Чтобы изучить строение KD-дерева, возьмем для примера 13 точек в двумерной системе координат:
Чтобы построить по ним дерево, мы будем руководствоваться следующим алгоритмом:
-
Выберем ось в наборе данных
-
Найдем на этой оси медианное значение числа точек. Для двумерного пространства это значит, что справа и слева от значения должно быть одинаковое число точек. Если у нас четное число точек, то можно левое подпространство сделать больше правого
-
Проведем линию, которая разделит пространство на две части
-
Изменим ось и нарисуем свою медиану для каждого нового подпространства
Пройдя эти четыре шага, мы выполним первое разделение дерева. Далее мы повторяем все шаги до тех пор, пока точек больше не останется.
Посмотрим, как разделение работает на нашем примере — двумерном KD-дереве с 13 точками:
Этап 1. Разделим пространство на основании оси :
Этап 2. Выполним второе разделение на основании оси :
Этап 3. Продолжаем разделение, пока это возможно:
Этап 4. Строим итоговое дерево, исходя из разделения пространства:
На последнем рисунке видно, что получившееся дерево аналогично сбалансированному бинарному дереву. Разница только в том, что в качестве полезной нагрузки в KD-дереве хранится точка с координатами.
В таком случае JavaScript-код узла будет выглядеть так:
class KDTreeNode {
constructor(obj, dimension, parent) {
this.obj = obj;
this.dimension = dimension;
this.right = null;
this.left = null;
this.parent = parent;
}
}
Java
class KDTreeNode {
List<Map<String, Integer>> obj;
List<String> dimension;
KDTreeNode right;
KDTreeNode left;
KDTreeNode parent;
KDTreeNode(List<Map<String, Integer>> obj, List<String> dimension, KDTreeNode parent) {
this.parent = parent;
this.obj = obj;
this.dimension = dimension;
}
}
Python
class KDTreeNode:
def __init__(self, obj, dimension, parent):
self.obj = obj
self.dimension = dimension
self.right = None
self.left = None
self.parent = parent
PHP
<?php
class KDTreeNode {
public $obj;
public array $dimension;
public ?self $right = null;
public ?self $left = null;
public self $parent;
public function __construct($obj, $dimension, $parent) {
$this->parent = $parent;
$this->obj = $obj;
$this->dimension = $dimension;
}
}
Операции над KD-деревом
Основное отличие KD-дерева можно увидеть при работе с методом, который отвечает за построение дерева из массива точек:
class KDTreeNode {
// ...
static buildTree(points, depth, dimensions, parent) {
let dim = depth % dimensions.length;
let median, node;
if (points.length === 0) {
return null;
}
if (points.length === 1) {
return new KDTreeNode(points[0], dim, parent);
}
points.sort(function(a, b) {
return a[dimensions[dim]] - b[dimensions[dim]];
});
median = Math.floor(points.length / 2);
node = new KDTreeNode(points[median], dim, parent);
node.left = KDTreeNode.buildTree(points.slice(0, median), depth + 1, dimensions, node);
node.right = KDTreeNode.buildTree(points.slice(median + 1), depth + 1, dimensions, node);
return node;
}
}
Java
class KDTreeNode {
// ...
public static KDTreeNode buildTree(
List<Map<String, Integer>>points, int depth, List<String> dimensions, KDTreeNode parent) {
var dim = depth % dimensions.size(); // Здесь выбираем, на какой оси проводим разбиение пространства
int median;
KDTreeNode node;
if (points.size() == 0) {
return null;
}
if (points.size() == 1) {
return new KDTreeNode(points.get(0), dim, parent);
}
points.sort((a, b) -> a.get(dimensions.get(dim)) - b.get(dimensions.get(dim)));
median = points.size() / 2; // Выбираем медиану и добавляем ее в дерево
node = new KDTreeNode(points.get(median), dim, parent);
// Правое и левое подпростанство продолжаем делить рекурсивно
node.left = KDTreeNode.buildTree(points.subList(0, median), depth + 1, dimensions, node);
node.right = KDTreeNode.buildTree(points.subList(median + 1, points.size()), depth + 1, dimensions, node);
return node;
}
}
Python
@staticmethod
def build_tree(points, depth, dimensions, parent):
dim = depth % len(dimensions)
if len(points) == 0:
return None
if len(points) == 1:
return KDTreeNode(points[0], dim, parent)
points.sort(key=lambda point: point[dimensions[dim]])
median = len(points) // 2
node = KDTreeNode(points[median], dim, parent)
node.left = KDTreeNode.build_tree(points[:median], depth+1, dimensions, node)
node.right = KDTreeNode.build_tree(points[median+1:], depth+1, dimensions, node)
return node
PHP
<?php
class KDTreeNode
{
// ...
public static function buildTree($points, $depth, $dimensions, $parent)
{
// Здесь выбираем, на какой оси проводим разбиение пространства
$dim = $depth % count($dimensions);
$median;
$node;
if (count($points) == 0) {
return null;
}
if (count($points) == 1) {
return new KDTreeNode($points[0], $dim, $parent);
}
usort($points, function($a, $b) use ($dimensions, $dim) {
return $a[$dimensions[$dim]] - $b[$dimensions[$dim]];
});
// Выбираем медиану и добавляем ее в дерево
$median = count($points) / 2;
$node = new KDTreeNode($points[$median], $dim, $parent);
// Правое и левое подпростанство продолжаем делить рекурсивно
$node->left = self::buildTree(array_slice($points, 0, $median), $depth + 1, $dimensions, $node);
$node->right = self::buildTree(array_slice($points, $median + 1, count($points)), $depth + 1, $dimensions, $node);
return $node;
}
}
Вызвать построение дерева можно при помощи следующего примера:
const points = [
{x: 1, y: 2},
{x: 3, y: 4},
{x: 5, y: 6},
{x: 7, y: 8}
];
const tree = KDTreeNode.buildTree(points, 0, ["x", "y"], null);
Java
List<Map<String, Integer>> points = new ArrayList<>();
points.add(Map.of("x", 1, "y", 1));
points.add(Map.of("x", 3, "y", 4));
points.add(Map.of("x", 5, "y", 6));
points.add(Map.of("x", 7, "y", 8));
List<String> dimensions = List.of("x", "y");
KDTreeNode tree = KDTreeNode.buildTree(points, 0, dimensions, null);
Python
points = [
{"x": 1, "y": 2},
{"x": 3, "y": 4},
{"x": 5, "y": 6},
{"x": 7, "y": 8},
]
tree = KDTreeNode.buildTree(points, 0, ["x", "y"], None)
PHP
<?php
$points = [
["x" => 1, "y" => 1],
["x" => 3, "y" => 4],
["x" => 5, "y" => 6],
["x" => 7, "y" => 8]
];
$dimensions = ["x", "y"];
$tree = KDTreeNode::buildTree($points, 0, $dimensions, null);
Структура KD-дерева не отличается от бинарного дерева. Поэтому методы удаления и поиска узлов работают так же, как в бинарном дереве:
class KDTreeNode {
// ...
insertNode(value) {
this.insertNodeHelper(value, this);
}
insertNodeHelper(value, parentNode) {
if (value[this.dimension] < parentNode.obj[parentNode.dimension]) {
if (parentNode.left === null) {
parentNode.left = new KDTreeNode(
value,
this.dimension,
parentNode,
);
} else {
this.insertNodeHelper(value, parentNode.left);
}
}
if (value[this.dimension] >= parentNode.obj[parentNode.dimension]) {
if (parentNode.right === null) {
parentNode.right = new KDTreeNode(
value,
this.dimension,
parentNode,
);
} else {
this.insertNodeHelper(value, parentNode.right);
}
}
}
}
Java
class KDTreeNode {
// ...
public void insertNode(Map<String, Integer> value) {
insertNode(value, this);
}
private void insertNode(Map<String, Integer> value, KDTreeNode parent) {
if (value.get(dimension) < parentNode.obj.get(parentNode.dimension)){
if (parentNode.left == null){
parentNode.left = new KDTreeNode(value, dimension, parentNode);
}
else {
insertNode(value, parentNode.left);
}
}
if (value[this.dimension] < parentNode.obj[parentNode.dimension]){
if (parentNode.right == null) {
parentNode.right = new KDTreeNode(value, this.dimension, parentNode);
}
else {
this.#insertNode(value, parentNode.right);
}
}
}
}
Python
def insertNode(self, value):
return self._insertNode(value, self)
def _insertNode(self, value, parentNode):
if value[parentNode.dimension] < parentNode.obj[parentNode.dimension]:
if parentNode.left is None:
parentNode.left = KDTreeNode(value, parentNode.dimension, parentNode)
else:
self._insertNode(value, parentNode.left)
if value[parentNode.dimension] >= parentNode.obj[parentNode.dimension]:
if parentNode.right is None:
parentNode.right = KDTreeNode(value, parentNode.dimension, parentNode)
else:
self._insertNode(value, parentNode.right)
PHP
class KDTreeNode
{
// ...
public function insertNode($value)
{
$this->insertNodeRecursive($value, $this);
}
private function insertNodeRecursive($value, $parentNode) {
if ($value[$this->dimension] < $parentNode->obj[$parentNode->dimension]) {
if ($parentNode->left == null) {
$parentNode->left = new KDTreeNode($value, $this->dimension, $parentNode);
} else {
$this->insertNodeRecursive($value, $parentNode->left);
}
}
if ($value[$this->dimension] >= $parentNode->obj[$parentNode->dimension]) {
if ($parentNode->right == null) {
$parentNode->right = new KDTreeNode($value, $this->dimension, $parentNode);
} else {
$this->insertNodeRecursive($value, $parentNode->right);
}
}
}
}
class KDTreeNode {
// ...
removeNode(value) {
this.#removeNodeHelper(value, this);
}
#removeNodeHelper(value, node) {
if (node === null) {
return null; // Узел не найден, возвращаем null
}
if (value[this.dimension] < node.obj[node.dimension]) {
node.left = this.removeNodeHelper(value, node.left);
} else if (value[this.dimension] > node.obj[node.dimension]) {
node.right = this.removeNodeHelper(value, node.right);
} else {
// Узел найден
if (node.left === null) {
return node.right; // Узел имеет только правого потомка
} else if (node.right === null) {
return node.left; // Узел имеет только левого потомка
}
// Узел имеет обоих потомков
let original = node;
node = node.right;
while (node.left) {
node = node.left;
}
node.right = this.#removeMin(original.right);
node.left = original.left;
}
return node;
}
#removeMin(node) {
if (node.left === null) {
return node.right; // Если нет левого потомка, возвращаем правого потомка
}
node.left = this.removeMin(node.left); // Рекурсивно вызываем removeMin для левого потомка
return node;
}
}
Java
class KDTreeNode {
// ...
public void removeNode(Map<String, Integer> value) {
removeNode(value, this);
}
private KDTreeNode removeNode(Map<String, Integer> value, KDTreeNode node) {
if (node == null) {
return null;
}
if (value.get(this.dimension) < node.obj.get(this.dimension)) {
node.left = this.removeNode(node.left, value);
}
else if (value.get(this.dimension) > node.obj.get(this.dimension)) {
node.right = this.removeNode(node.right, value);
}
else {
if (node.left == null) {
return node.right;
}
if (node.right == null) {
return node.left;
}
}
KDTreeNode original = node;
node = node.right;
while (node.left != null) {
node = node.left;
}
node.right = removeMin(original.right);
node.left = original.left;
}
}
Python
def removeNode(self, value):
return self._removeNode(value, self)
def _removeNode(self, value, node):
if node is None:
return None
if value[self.dimension] < node.obj[self.dimension]:
node.left = self._removeNode(value, node.left)
elif value[self.dimension] > node.obj[self.dimension]:
node.right = self._removeNode(value, node.right)
else:
if node.left is None:
return node.right
if node.right is None:
return node.left
original = node
node = node.right
while node.left:
node = node.left
node.right = self._removeMin(original.right)
node.left = original.left
PHP
<?php
class KDTreeNode
{
// ...
public function removeNode($value)
{
return $this->removeNodeRecursive($value, $this);
}
private function removeNodeRecursive($value, $node)
{
if ($node == null) return null;
if ($value$this->dimension < $node->obj[$this->dimension]) {
$node->left = $this->removeNodeRecursive($value, $node->left);
} else if ($value[$this->dimension] > $node->obj[$this->dimension]) {
$node->right = $this->removeNodeRecursive($value, $node->right);
} else {
if ($node->left == null) return $node->right;
if ($node->right == null) return $node->left;
$original = $node;
$node = $node->right;
while ($node->left) {
$node = $node->left;
}
$node->right = $this->removeMin($original->right);
$node->left = $original->left;
}
}
}
Еще одной отличительной особенностью KD-дерева считается реализация метода поиска ближайшего соседа:
class KDTreeNode {
// ...
metric(point1, point2) {
return Math.sqrt(
Math.pow(point1.x - point2.x, 2) + Math.pow(point1.y - point2.y, 2),
);
}
nearestSearch(point, node, bestNodes, maxNodes) {
if (node === null) {
return; // Достигнут конец дерева
}
let dimension = this.dimension;
let ownDistance = this.metric(point, node.obj);
let linearPoint = {};
let linearDistance;
let bestChild, otherChild;
for (let i = 0; i < this.dimension.length; i++) {
if (i === this.dimension) {
linearPoint[this.dimension[i]] = point[this.dimension[i]];
} else {
linearPoint[this.dimension[i]] = node.obj[this.dimension[i]];
}
}
linearDistance = this.metric(linearPoint, node.obj);
if (
bestNodes.length < maxNodes ||
ownDistance < bestNodes[bestNodes.length - 1][1]
) {
if (bestNodes.length === maxNodes) {
bestNodes.pop(); // Удаляем последний элемент, если массив лучших узлов уже заполнен
}
bestNodes.push([node.obj, ownDistance]); // Добавляем текущий узел в массив лучших узлов
bestNodes.sort((a, b) => a[1] - b[1]); // Сортируем массив лучших узлов по расстоянию
}
if (
bestNodes.length < maxNodes ||
Math.abs(linearDistance) < bestNodes[bestNodes.length - 1][1]
) {
if (linearDistance < 0) {
bestChild = node.right;
otherChild = node.left;
} else {
bestChild = node.left;
otherChild = node.right;
}
this.nearestSearch(point, bestChild, bestNodes, maxNodes); // Рекурсивно ищем в ближайшем поддереве
if (Math.abs(linearDistance) < bestNodes[bestNodes.length - 1][1]) {
this.nearestSearch(point, otherChild, bestNodes, maxNodes); // Поиск в другом поддереве, если необходимо
}
}
}
}
https://replit.com/@hexlet/algorithms-trees-kd-js#index.js
Java
class KDTreeNode {
// ...
public KDTreeNode nearestSearch(Map<String, Integer> point, KDTreeNode node) {
KDTreeNode bestChild;
var dimension = dimensions.get(node.get("dimension"));
var ownDistance = metric(point, node.obj),
linearPoint = new HashMap<String, Integer>();
double linearDistance;
KDTreeNode otherChild;
int i;
for (var i = 0; i < dimensions.length(); i += 1) {
if (i == node.dimension) {
linearPoint.put(dimensions.get(i), point.get(dimensions.get(i)));
} else {
linearPoint.put(dimensions.get(i), node.obj.get(dimensions.get(i)));
}
}
linearDistance = metric(linearPoint, node.obj);
if (node.right == null && node.left == null) {
if (bestNodes.size() < maxNodes || ownDistance < bestNodes.get(0).get(1)) {
this.saveNode(node, ownDistance);
}
return;
}
if (node.right == null) {
bestChild = node.left;
} else if (node.left == null) {
bestChild = node.right;
} else {
if (point.get(dimension) < node.obj.get(dimension)) {
bestChild = node.left;
} else {
bestChild = node.right;
}
}
nearestSearch(point, bestChild);
if (bestNodes.size() < maxNodes || ownDistance < bestNodes.get(0).get(1)) {
this.saveNode(node, ownDistance);
}
if (bestNodes.size() < maxNodes || Math.abs(linearDistance) < bestNodes.get(0).get(1)) {
if (bestChild == node.left) {
otherChild = node.right;
} else {
otherChild = node.left;
}
if (otherChild != null) {
nearestSearch(point, otherChild);
}
}
}
}
Python
def nearestSearch(point, node):
bestChild = None
dimension = dimensions[node.dimension]
ownDistance = metric(point, node.obj)
linearPoint = {}
linearDistance = 0
otherChild = None
for i in range(len(dimensions)):
if i == node.dimension:
linearPoint[dimensions[i]] = point[dimensions[i]]
else:
linearPoint[dimensions[i]] = node.obj[dimensions[i]]
linearDistance = metric(linearPoint, node.obj)
if node.right == None and node.left == None:
if bestNodes.qsize() < maxNodes or ownDistance < bestNodes.queue[0][1]:
saveNode(node, ownDistance)
return
if node.right == None:
bestChild = node.left
elif node.left == None:
bestChild = node.right
else:
if point[dimension] < node.obj[dimension]:
bestChild = node.left
else:
bestChild = node.right
nearestSearch(point, bestChild)
if bestNodes.qsize() < maxNodes or ownDistance < bestNodes.queue[0][1]:
saveNode(node, ownDistance)
if bestNodes.qsize() < maxNodes or abs(linearDistance) < bestNodes.queue[0][1]:
if bestChild == node.left:
otherChild = node.right
else:
otherChild = node.left
if otherChild != None:
nearestSearch(point, otherChild)
PHP
<?php
class KDTreeNode
{
private function nearestSearch($point, $node)
{
$bestChild = null;
$dimension = $dimensions[$node->dimension];
$ownDistance = metric($point, $node->obj);
$linearPoint = [];
$linearDistance = null;
$otherChild = null;
for ($i = 0; $i < count($dimensions); $i += 1) {
if ($i === $node->dimension) {
$linearPoint[$dimensions[$i]] = $point[$dimensions[$i]];
} else {
$linearPoint[$dimensions[$i]] = $node->obj[$dimensions[$i]];
}
}
$linearDistance = metric($linearPoint, $node->obj);
if ($node->right === null && $node->left === null) {
if (count($bestNodes) < $maxNodes || $ownDistance < $bestNodes[0][1]) {
$this->saveNode($node, $ownDistance);
}
return;
}
if ($node->right === null) {
$bestChild = $node->left;
} elseif ($node->left === null) {
$bestChild = $node->right;
} else {
if ($point[$dimension] < $node->obj[$dimension]) {
$bestChild = $node->left;
} else {
$bestChild = $node->right;
}
}
$this->nearestSearch($point, $bestChild);
if (count($bestNodes) < $maxNodes || $ownDistance < $bestNodes[0][1]) {
$this->saveNode($node, $ownDistance);
}
if (count($bestNodes) < $maxNodes || abs($linearDistance) < $bestNodes[0][1]) {
if ($bestChild === $node->left) {
$otherChild = $node->right;
} else {
$otherChild = $node->left;
}
if ($otherChild !== null) {
$this->nearestSearch($point, $otherChild);
}
}
}
}
Выводы
В этом уроке мы познакомились с KD-деревьями, которые помогают организовать хранение пространственных данных. KD-деревья — это основная альтернатива методам машинного обучения при решении кластеризационных задач.
Поиск ближайших соседей — это одна из популярных задач, стоящих перед программистами. Результаты ее решения нужны в медицине, геологии, картографии и прочих прикладных областях, связанных с кластеризацией пространственных объектов.
Остались вопросы? Задайте их в разделе «Обсуждение»
Вам ответят команда поддержки Хекслета или другие студенты
Для полного доступа к курсу нужен базовый план
Базовый план откроет полный доступ ко всем курсам, упражнениям и урокам Хекслета, проектам и пожизненный доступ к теории пройденных уроков. Подписку можно отменить в любой момент.