Потому что npm стремиться установить модули в директорию, куда (согласно логам) доступа у ограниченного пользователя нет (как-то плохо звучит, правильнее - "доступ у пользователя с ограниченными правами отсутствует").
Как подсказал добрый человек в комментарии к первому проекту, нужно указать для npm парочку параметров:
$ npm config set prefix ~
$ echo export PATH=\$PATH:\~/bin >> ~/.bashrc
$ . ~/.bashrc
